D Grubu'nda Dinamo Zagreb'in dışında Belçika'nın Anderlecht ve Slovakya'nın Spartak Trnava takımlarıyla karşılaşacak Fenerbahçe, Avrupa'nın iki numaralı kupasında 5 kez grup mücadelesi verdi. Sarı-lacivertliler, bu kulvarda yer aldığı tüm gruplardan çıkarak, bir üst tura adını yazdırmayı başardı.
UEFA Kupası ve UEFA Avrupa Ligi adı altında gerçekleştirilen organizasyonda Fenerbahçe, ilk grup mücadelesini 2006-2007 sezonunda verdi.
Sarı-lacivertliler, söz konusu sezonda UEFA Kupası'nda tek maç üzerinden oynanan karşılaşmalar sonunda, 5 takımın yer aldığı grubunu 3. sırada tamamlayarak tur atladı. İngiltere'den Newcastle United, İspanya'dan Celta Vigo, İtalya'dan Palermo ve Almanya'dan Eintracht Frankfurt ile aynı grupta yer alan Fenerbahçe, rakipleriyle yaptığı 4 maçta birer galibiyet ve beraberlik alarak 4 puan topladı. H Grubu'nu 3. sırada bitirerek bir üst turda mücadele etme hakkı kazanan sarı-lacivertli ekip, 2. turda Hollanda'nın AZ Alkmaar takımıyla eşleşti. İstanbul'da rakibiyle 3-3 berabere kalan Fenerbahçe, Hollanda'da aldığı 2-2'lik eşitlikle elendi.
2009-2010'da lider çıktı
Fenerbahçe, 2009-2010 sezonunda UEFA Avrupa Ligi adıyla düzenlenen organizasyonda grup maçlarında daha başarılı bir performansa imza attı.
Bir kez daha H Grubu'nda yer alan sarı-lacivertli takım, Hollanda'dan Twente, Moldova'dan Sherrif ve Romanya'dan Steaua Bükreş ekiplerine karşı çift devreli lig usulüne göre oynanan grup maçlarında üstünlük sağladı.
Rakiplerini 6 maçta 5 kez mağlup eden Fenerbahçe, sadece bir kez yenildiği grubu 15 puanla lider olarak tamamladı. Sarı-lacivertli ekip, grup maçlarındaki başarıyı 2. turda tekrarlayamadı ve Fransa'nın Lille ekibine elendi. İlk maçta rakibiyle 1-1 berabere kalan Fenerbahçe, rövanş mücadelesinden 2-1 mağlup ayrıldı.
Tarihi sezon 2012-2013
Sarı-lacivertli ekip, 2012-2013'te tarihinin en başarılı Avrupa macerasını yaşadı.
UEFA Avrupa Ligi'nde teknik direktör Aykut Kocaman yönetiminde C Grubu'nda yer alan Fenerbahçe, Almanya'dan Borussia Mönchengladbach, Fransa'dan Marsilya ve Kıbrıs Rum Kesimi'nden AEL Limasol takımları karşısında 4 galibiyet, birer beraberlik ve yenilgi sonunda 13 puanla zirvede yer aldı.
Lider olarak 2. tura yükselen Fenerbahçe, bu turda Belarus'un BATE Borisov takımını 1-0 ve 0-0'lık skorlarla eledikten sonra 3. turda Çekya temsilcisi Viktoria Plzen'e 1-1 ve 1-0'lık sonuçla üstünlük kurarak adını çeyrek finale yazdırdı.
Çeyrek finalde İtalya'nın köklü takımlarından Lazio'yu ilk maçta 2-0 mağlup eden sarı-lacivertli ekip, rövanş maçından 1-1 berabere ayrılarak yarı finale yükseldi.
Yarı finalde Portekiz'den Benfica ile eşleşen sarı-lacivertli ekip, rakibini ilk maçta 1-0 yenmesine rağmen ikinci maçı 3-1 yitirerek, finalin kapısından döndü.
2015-2016'da ikinci
Fenerbahçe, 2015-2016 sezonunda da yer aldığı UEFA Avrupa Ligi grubundan da üst tura yükselmeyi başardı.
A Grubu'nda mücadele eden Fenerbahçe, Hollanda'dan Ajax, İskoçya'dan Celtic ve Norveç'ten Molde ile karşılaştı. Grubu 2 galibiyet, 3 beraberlik ve 1 yenilgiyle 9 puan toplayarak Molde'nin arkasında 2. sırada tamamlayan sarı-lacivertliler, adını 2. tura yazdırdı.
Rusya'nın Lokomotiv Moskova takımıyla 2. turda eşleşen Fenerbahçe, rakibini İstanbul'da 2-0 yendi. Deplasmanda 1-1 biten maç sonunda sarı-lacivertliler 3. tura yükseldi.
Bu turda ise Portekiz'in Braga takımıyla mücadele eden Fenerbahçe, ilk maçı seyircisinin önünde 1-0 galip tamamladı. Deplasmanda rakibine 4-1 yenilen sarı-lacivertliler, çeyrek finale çıkamadı.
Manchester United'in önünde lider
Fenerbahçe, son olarak gruplarda yer aldığı 2016-2017 sezonunda zorlu bir grupta lider olarak üst tura adını yazdırdı.
Sarı-lacivertliler, söz konusu sezonda A Grubu'nda İngiltere'nin Manchester United, Hollanda'nın Feyenoord ve Ukrayna'nın Zorya takımlarıyla eşleşti.
Bu grupta 13 puan elde eden Fenerbahçe, Manchester United'ın önünde lider olarak üst tura çıktı. Sarı-lacivertliler, ikinci turda ise Rusya'nın Krasnodar takımına elendi.
Gruplarda toplam 16 galibiyet aldı
Fenerbahçe, 5 defa yer aldığı grup maçlarında 16 galibiyet, altışar beraberlik ve yenilgi aldı.
Sarı-lacivertli ekibin gruplardaki performansı şöyle:
| Sezon | Maç | G | B | M | A | Y | P |
| 2006-2007 | 4 | 1 | 1 | 2 | 5 | 4 | 4 |
| 2009-2010 | 6 | 5 | 0 | 1 | 8 | 3 | 15 |
| 2012-2013 | 6 | 4 | 1 | 1 | 10 | 7 | 13 |
| 2015-2016 | 6 | 2 | 3 | 1 | 7 | 6 | 9 |
| 2016-2017 | 6 | 4 | 1 | 1 | 8 | 6 | 13 |
| TOPLAM | 28 | 16 | 6 | 6 | 38 | 26 | 54 |
Kötü başlayıp iyi bitiriyor
Fenerbahçe, Avrupa'nın kulüpler bazında iki numaralı kupasında grup maçlarına iyi başlayamıyor.
Sarı-lacivertliler, 5 kez yer aldığı grupların ilk maçlarında 3 yenilgi 2 beraberlik alıp, hiç galip gelemedi. Fenerbahçe, 2006-2007'de Newcastle United'e, 2009-2010'da Twente'ye, 2015-2016 sezonunda da Molde'ye yenildi. Sarı-lacivertliler yarı final oynadığı 2012-13 sezonunda ise ilk maçta Marsilya ile 2-2 berabere kaldı. Fenerbahçe, son olarak mücadele ettiği gruplarda 2016-2017 sezonunda Ukrayna'da Zorya'yla 1-1 berabere kalarak sahadan ayrıldı.
Fenerbahçe, gruplara kötü başlamasına rağmen daha sonraki maçlarda toparlanıp, üst tura çıkmak için gerekli sonuçları elde etmeyi başardı.
Fenerbahçe'nin 2 numaralı kupada gruplarda yaptığı ilk maçların sonuçları şöyle:
| Sezon | Maç | Sonuç |
| 2006-2007 | Newcastle United-Fenerbahçe | 1-0 |
| 2009-2010 | Fenerbahçe-Twente | 1-2 |
| 2012-2013 | Fenerbahçe-Marsilya | 2-2 |
| 2015-2016 | Fenerbahçe-Molde | 1-3 |
| 2016-2017 | Zorya-Fenerbahçe | 1-1 |
