Prosinecki, 2012-2013 sezonun 7. haftasında Mersin İdmanyurdu maçının ardından 7 puanla 15. sırada devraldığı Kayserispor'da önemli işlere imza atarak takımı sezon sonunda 52 puanla 5. sıraya kadar taşıdı.
Prosinecki'nin öğrencileri 2013-2014 sezonunda ise beklentileri karşılayamayarak başarısız bir grafik çizdi.
İlk devrenin sonunda 12 puanla son sırada yer alan Kayserispor'da 17. haftada deplasmanda 5-1 kaybedilen Fenerbahçe maçının ardından 31 Aralık 2013'te Hırvat teknik adam ile yollar ayrıldı.
Bu sezonun devre arasında da büyük umutlarla takımın başına getirilen Prosinecki, takımın başında çıktığı ilk resmi maç olan Ziraat Türkiye Kupası son 16 turu ilk maçında sahasında Fenerbahçe ile 0-0 berabere kaldı.
Ligin ikinci yarısının ilk maçında deplasmanda Aytemiz Alanyaspor'la karşılaşan Prosinecki'nin ekibi, buradan da 5-1'lik farklı mağlubiyetle ayrıldı.
Ziraat Türkiye Kupası son 16 turu ikinci karşılaşmasında da Fenerbahçe'ye 2-0 yenilen Kayserispor, kupaya veda etti.
Kayserispor'un ikinci Prosinecki döneminde kendi evinde oynadığı ilk lig karşılaşması olan MKE Ankaragücü maçı 1-1'lik beraberlikle tamamlandı.
Son olarak Galatasaray ile deplasmanda karşılaşan Kayserispor, buradan da 4-1 mağlubiyetle ayrıldı.
Prosinecki'nin takımı, çıktığı 5 resmi maçta 12 gol yerken, sadece 3 gol atabildi.
TOKGÖZ: "HOCAMIZA GÜVENİYORUZ"
Kulüp asbaşkanı ve basın sözcüsü Mustafa Tokgöz, Robert Prosinecki'nin kalitesinin ve tecrübesinin tartışmaya açık bir konu olmadığını söyledi.
Prosinecki'nin hem Süper Lig'de hem de dünya futbolunda kendisini kanıtlamış biri olduğunu altını çizen Tokgöz, "Hocamıza güveniyoruz. Geldiği günden beri sakatlıklar ve kart cezalarından dolayı isteği kadroyu sahaya süremedi. Yeni transferlerimizle istediği takımı oluşturduğunda her şey çok daha güzel olacak." diye konuştu.
