Fenerbahçe Kulübü'nün sözleşme yenilemeyerek yollarını ayırdığı Hırvat çalıştırıcı, yapılan yatırımlara rağmen beklenen başarının uzağında kaldı. Spahija yönetiminde ilk sezonunda (2010-2011) Beko Basketbol Ligi ve Spor Toto Türkiye Kupası'nda şampiyon olan sarı-lacivertliler, 2011-2012 sezonunda ise iki kulvardaki mücadeleye erken veda etti.
THY Avrupa Ligi'nde iki sezonda da ''Top 16'' turunu geçemeyen sarı-lacivertli ekip, Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda da mutlu sona ulaşamadı. Fenerbahçe Kulübü'nün 11 Haziran 2010'da anlaşma sağladığını duyurduğu Hırvat teknik adam, 2 yıla yakın bir süre sarı-lacivertli ekibi çalıştırdı.
2010-2011 sezonu
Spahija, Fenerbahçe Ülker'deki ilk sezonunda, takımıyla ilk kupasını Spor Toto Türkiye Kupası'nda elde etti. Finalde Beşiktaş Cola Turka'yı geçerek şampiyon olan sarı-lacivertliler, 1966-1967 ve 2009-2010 sezonlarının ardından 2010-2011 sezonunda 3. kez kupayı müzesine götürdü.
Fenerbahçe'ye, erkek basketbol takımında sezonun ikinci kupası ise Beko Basketbol Ligi Şampiyonluğu ile geldi. Final serisinde Galatasaray Cafe Crown ile karşı karşıya gelen Fenerbahçe Ülker, final serisini 4-2 kazanarak şampiyonluğu elde etti.
THY Avrupa Ligi'nde 1. turdaki gruptan çıkarak ''Top 16'' turuna yükselen sarı-lacivertliler, bu turu geçemeyerek çeyrek final hedefini gerçekleştiremedi.
2011-2012 sezonu
Hırvat çalıştırıcısı yönetiminde ilk sezonunda elde ettiği iki kupanın ardından ikinci sezona daha büyük hedeflerle giren, özellikle Avrupa'da başarıyı hedefleyen sarı-lacivertliler buna karşın daha kötü bir sezon yaşadı.
Bir önceki sezon Spor Toto Türkiye Kupası'nı kazanan sarı-lacivertliler, 2011-2012 sezonundaki mücadelesinde ise 8'li finallerdeki ilk maçında Anadolu Efes'e elenerek kupaya veda etti.
THY Avrupa Ligi'nde 1. turdaki grubu geçerek ''Top 16''ya yükselen Fenerbahçe Ülker, bir sezon önce olduğu gibi bu turu yine geçemedi ve çeyrek final hedefinden uzak kaldı.
Sarı-lacivertliler normal sezonu 5. sırada tamamladığı Beko Basketbol Ligi'nde ise play-off çeyrek final turunda Beşiktaş Milangaz karşısında elenmekten kurtulamadı.
Fenerbahçe Ülker, Neven Spahija yönetimindeki iki sezonda da Cumhurbaşkanlığı Kupası mücadelelerinde yenildi.
Spahija'nın kariyerindeki takımlar
Neven Spahija, Fenerbahçe Ülker'in başında kariyerine iki kupa ekledi. Başantrenörlük görevini ilk kez ülkesinde KK Cibona'da (2000-2001) yapan Spahija, yaşadığı şampiyonluğun ardından Slovenya'ya giderek KK Krka Novo Mesto'nun başına (2001-2003) geçti.
Slovenya ekibiyle geçirdiği başarılı dönemin ardından Rusya'nın Avtodor Saratov takımını çalıştırmaya başlayan (2003-2005) Hırvat teknik adam, 2005-2006 sezonunda Litvanya'nın BC Lietuvos Rytas takımının başında yer aldı.
2006-2007 sezonunda İsrail'in Maccabi Tel Aviv takımının başantrenörü olan Spahija, bir sezon sonra İspanya ekibi Tau Baskonia'da (2007-2008) görev aldı. İspanya'da Baskonia'dan sonra Valencia'nın başına geçen Neven Spahija, 2009-2010 sezonunda takımıyla ULEB EuroCup'ı kazandı.
Spahija, iki sezon süren Valencia macerasından sonra 2010-2011 sezonundan itibaren Fenerbahçe'de iki sezon görev yaptı.
