Grup belirleme organizasyonuna kulüp temsilcileri ile TFF Yönetim Kurulu üyesi M. Akif Üstündağ, TFF Genel Sekreter Vekili Gıyasettin Şenman, TFF Maç Planlama ve Organizasyon Müdürü Ufuk Şepik katıldı. 19'ar takımdan oluşan 3 grubun bulunduğu Spor Toto 3.Lig'de yeni sezon 28 Ağustos 2011 tarihinde başlayacak. Ligin ilk devresi 25 Aralık 2011'de oynanacak 19. hafta karşılaşmaları ile bitecek. 2. devresi 22 Ocak'ta başlayacak Spor Toto 3.Lig'de 2011-2012 sezonu, 13 Mayıs 2012'de oynanacak maçlarla sona erecek.
Ligde gruplarını ilk sırada tamamlayan takımlar doğrudan Spor Toto 2.Lig'e yükselecek. Her grubu 2., 3.,4. ve 5. bitiren takımlar Play-Off oynama hakkını kazanacak. Play-Off maçları tek maç eleme usulüne göre oynanacak. Bu müsabakalarda kazanan takımlar final oynayacak ve finalde kazanan takımlar ise Spor Toto 2. Ligi'ne yükselecek. Böylece toplam 6 takım Spor Toto 2. Lig'e yükselmiş olacak.
Spor Toto 3. Lig'de gruplarında 16,17, 18 ve 19. sıraları alan toplam 12 takım Bölgesel Amatör Lig'e düşecek.
