Spor Toto Süper Lig'de 2016-2017 sezonuna yarın Medipol Başakşehir karşılaşmasıyla başlayacak Fenerbahçe, bu sezon yer alan takımlar içinde lig tarihinde en çok maçı Beşiktaş ile oynadı.
Sarı-lacivertliler, geride kalan 58 sezonda Beşiktaş ile 120 kez karşılaştı. Lig tarihinde bu sezonki rakipleri arasında en çok galibiyeti 48 kezle Galatasaray ve Bursaspor'a karşı alan Fenerbahçe, en çok, 38 kezle Beşiktaş'a yenildi, en çok golü de 151 kezle Galatasaray'a attı.
En fazla golü (131) Beşiktaş'tan yiyen sarı-lacivertliler, 30 kez karşılaştığı Atiker Konyaspor'u tam 26 kez yendi, buna karşın 14 kez rakip olduğu Osmanlıspor'a sadece 2 kez mağlup oldu.
Bu sezonki rakipleriyle maçları
Fenerbahçe'nin, 2016-2017 sezonunda Süper Lig'de mücadele edecek takımlarla lig tarihinde yaptığı maçlarda ortaya çıkan performans tablosu şöyle:
| Takım | O | G | B | M | A | Y |
| Beşiktaş | 120 | 45 | 37 | 38 | 133 | 131 |
| Galatasaray | 118 | 48 | 37 | 33 | 151 | 116 |
| Bursaspor | 94 | 48 | 33 | 13 | 147 | 74 |
| Gençlerbirliği | 86 | 42 | 29 | 15 | 149 | 90 |
| Trabzonspor | 86 | 36 | 28 | 22 | 116 | 85 |
| Gaziantepspor | 60 | 40 | 9 | 11 | 127 | 58 |
| Adanaspor | 42 | 21 | 14 | 7 | 71 | 31 |
| Kayserispor | 40 | 27 | 8 | 5 | 89 | 34 |
| Antalyaspor | 40 | 28 | 7 | 5 | 77 | 34 |
| Çaykur Rizespor | 32 | 18 | 8 | 6 | 61 | 30 |
| Atiker Konyaspor | 30 | 26 | 1 | 3 | 88 | 33 |
| Kasımpaşa | 26 | 21 | 2 | 3 | 60 | 21 |
| Kardemir Karabükspor | 16 | 11 | 1 | 4 | 33 | 19 |
| Medipol Başakşehir | 16 | 8 | 2 | 6 | 23 | 20 |
| Osmanlıspor | 14 | 9 | 3 | 2 | 24 | 11 |
| Akhisar Belediyespor | 8 | 4 | 1 | 3 | 15 | 10 |
| Alanyaspor | - | - | - | - | - | - |
