Kayserispor'dan 2008-2009 sezonu öncesi 6 milyon 250 bin avro bonservis bedeli ile alınan Gökhan Ünal, söz konusu sezonda 32 maçın 31'inde ilk 11'de sahaya çıkarak 15 gol kaydetti. Milli oyuncu, bu sezon ise 13 maçın 8'inde ilk 11'de görev yaparken sadece 2 gol atabildi.
Gökhan Ünal, Trabzonspor formasıyla ilk sezonunda attığı 15 golle takımının en golcü oyuncusu olurken bu sezonun ilk yarısında kaydettiği 2 golle hayal kırıklığı yaşatmıştı. Gökhan, bu sezon ligin 6. haftasında, bordo-mavili takımın 6-1 kazandığı İstanbul Büyükşehir Belediyespor maçı ve ligin 10. haftasında 2-1 kazanılan Kayserispor maçında fileleri havalandırdı.
Milli oyuncu, 2005-2006 sezonunda Kayserispor forması altında 25 golle gol krallığı yaşamıştı.
