Ankara Marriott Otel'de yapılan ve Türkiye Futbol Federasyonu yöneticilerinin yanı sıra kulüp temsilcilerinin de hazır bulunduğu kura çekiminde gelecek sezonun grupları belirlendi.
2012-2013 sezonunda Spor Toto 2. Lig 2 grupta, Spor Toto 3. Lig ise 3 grupta oynanacak. Spor Toto 2. Lig'de Kırmızı ve Beyaz olarak 2 ayrı grup'ta 17'şer takım, 3. Lig'de ise 3 grupta 18'er takım mücadele edecek. Maç takviminin daha sonra açıklanacağı 2. ve 3. Lig'de, gruplar şu şekilde oluştu:
Spor Toto 2. Lig
Kırmızı Grup: Tarsus İdmanyurdu, BUGSAŞ Spor, Çankırıspor, Fethiyespor, Bandırmaspor, Bozüyükspor, Kahramanmaraşspor, Giresunspor, Nazilli Belediyespor, Hatayspor, Sarıyer, İstanbul Güngörenspor, Tepecikspor, Pendikspor, Turgutluspor, Ünyespor, Sakaryaspor
Beyaz Grup: Konya Torku Şekerspor, Kızılcahamamspor, Beypazarı Şekerspor, Alanyaspor, Balıkesirspor, İnegölspor, Yeni Malatyaspor, Ofspor, Denizli Belediyespor, İskenderun Demirçelikspor, Bayrampaşaspor, Gaziosmanpaşaspor, Eyüpspor, Kırklarelispor, Altay, Tokatspor, Körfez Futbol Kulübü
Spor Toto 3. Lig
1. Grup: Tekirova Belediyespor, Ankara Demirspor, Orhangazispor, Diyarbakır Büyükşehir Belediye, Sandıklı Belediyespor, Siirtspor, Belediye Vanspor, Kırıkhanspor, Çorumspor, Bergama Belediyespor, Gölcükspor, Kastamonuspor, Pazarspor, İstanbulspor, Fatih Karagümrük, Anadolu Üsküdar, Kayseri Şekerspor, Beşikdüzüspor
2. Grup: Manavgat Evrenseki, Hacettepe, Bursa Nilüferspor, Belediye Bingölspor, Aydınspor 1923, Batman Petrolspor, Adıyamanspor, İskenderunspor 1967, Menemen Belediyespor, Gebzespor, Derince Belediyespor, Kilimli Belediyespor, Refahiyespor, Silivrispor, Dardanelspor, Ümraniyespor, 4 Eylül Belediyespor, Yalıspor
3. Grup: Keçiörengücü, Oyak Renault, Diyarbakırspor, Elazığ Belediyespor, Emrespor, Mardinspor, Kahramanmaraş Belediyespor, Çorum Belediyespor, Altınordu, Kocaelispor, Darıca Gençlerbirliği, Gümüşhanespor, Erzurum Büyükşehir Belediye, Sancaktepe Belediyespor, Beylerbeyispor, Maltepespor, Yozgatspor, Arsinspor
