Abdullah Avcı, daha sonraki dönemde yine İstanbulspor'da, önce Metin Türel, ardından da Aykut Kocaman'ın yardımcısı olarak teknik heyette yer aldı. Daha sonra, yardımcılıktan daha yetkili bir göreve geçmesi gerektiğini düşünerek, İstanbulspor PAF Takımı ve Altyapı Teknik Sorumlusu olarak çalışan Abdullah Avcı, İstanbulspor macerasının ardından, 2004 yılının başında Galatasaray'dan gelen teklifi değerlendirerek, PAF Takımı ve Altyapı Teknik Sorumlusu olarak 1 yıl çalıştı. Sarı-kırmızılı kulüpte görev yaparken milli takımdan teklif alan Abdullah Avcı, 17 Yaş Altı Genç Milli Futbol Takımı'nın başına getirildi.