Şu ana kadar lig ve kupa tarihinde Fenerbahçe'ye İstanbul deplasmanında 27 kez konuk olan Göztepe, yalnız 1966-1967 ve 1999-2000 sezonlarında deplasmandan galibiyetle dönmeyi başardı. Fenerbahçe 16 galibiyet alırken, 9 maç ise berabere bitti.
Kulüp tarihindeki efsane kadronun mücadele ettiği 1966-67'de sarı-kırmızılılar Ali Sami Yen Stadı'nda Fenerbahçe'yi Ertan Öznur'un golüyle 1-0 yendi. Göztepe, deplasmandaki son galibiyetini ise Kadıköy'de elde etti. 16 Nisan 2000 tarihinde oynanan maçta Göztepe, Fenerbahçe'yi Remzi Acet, Burak Atasoy ve Bülent Üçüncü'nün golleriyle 3-2 mağlup etti. Kadıköy'deki son lig maçı 2002-2003 sezonunda oynanırken, karşılaşma başladığı gibi 0-0 sona erdi.
İki takım İstanbul'da en son 2012-2013 sezonunda Türkiye Kupası müsabakasında karşılaştı. Fenerbahçe o maçı 4-0 kazanırken, Göztepeli taraftarların yaptığı tribün şovlar uzun süre hafızalardan silinmedi. Karşılaşmanın hazırlıklarını Urla Adnan Süvari Tesisleri'nde sürdüren Göztepe'de uzun süredir sakatlıkla boğuşan sol bek Traore ile stoper Kadu tamamen iyileşti. İstanbul'a tam kadro gidecek Göztepe'de kaleci Beto, Kadu ve Halil kart sınırında bulunuyor.
