Atay Aktuğ'un 2005-06 sezonunun 9. haftasında Şenol Güneş'i göndererek göreve getirdiği Halilhodzic 26 maç takımın başında çıktığı sezonu 52 puanla dördüncü sırada tamamladı. O sezon G.Saray 83 puanla rekor kırarak şampiyon olurken, F.Bahçe 82 puanla ikinci, Beşiktaş ise 54 puanla üçüncü oldu. Halilhodzic'li Trabzonspor 26 maçta 12 galibiyet, 5 beraberlik, 9 yenilgi ile 41 puan toplamıştı. Vahid Halilhodzic deplasmanda 3-1'lik Samsunspor yenilgisiyle başladığı Trabzonspor kariyerinde 5 derbi maça çıktı. İstanbul'da Beşiktaş'ı 1-0 mağlup eden Fırtına, rakibine Avni Aker'de 2-1 kaybetti. Trabzonspor, Fenerbahçe ile Kadıköy'de 2-2 berabere kalırken Avni Aker'de 3-2 mağlup oldu. Galatasaray ile oynadığı tek derbi mücadelesinde ise Avni Aker'de 1-1'lik eşitliği bozamadı.
BÜYÜK HOCA TRABZONSPOR'DA
Trabzon yerel basını da Halilhodzic'in Cezayir Milli Takımı'yla Dünya Kupası'nda sergilediği performansın ardından Trabzonspor'u tercih etmesinin kulüp adına çok gurur verici olduğunu yazdı. Türksesi gazetesi "Sonunda geldi", Karadeniz'de Son Nokta "Hoşgeldin Halilhodzic", Karadeniz'in Sesi de "Yuvana hoşgeldin" manşetlerini tercih etti. Karadeniz "Trabzonspor'da 2. Vahid dönemi", Günebakış "2. Halilhodzic dönemi başlıyor. Büyük hoca Trabzon'da!", Kuzey Ekspres "Büyük hoca Trabzonspor'da", Taka "Bienvenue Vahid Baba" manşetlerini attı.
