Kupayı en son 1982-1983 sezonunda kazanan sarı-lacivertli ekip, Alman çalıştırıcısı yönetiminde 2003-2004, 2004-2005 ve 2005-2006 sezonlarında olduğu gibi yine yarı finalist oldu.
2003-2004 sezonunda çeyrek finalde Çaykur Rizespor karşısında normal süresi 2-2 biten maçta ilk uzatma devresinde attığı 2 gümüş golle yarı finale yükselen Fenerbahçe, 2004-2005 sezonunda çeyrek final mücadelesinde Kayserispor'u 4-0'lık farklı skorla yenerek turu geçmişti.
Sarı-lacivertliler, 2005-2006 sezonunda ise Galatasaray ile yaptığı çeyrek final karşılaşmalarından ilkini Kadıköy'de 2-1 kazanırken, Ali Sami Yen'deki mücadelede 3-2 kaybetmesine rağmen ilk maçtaki skorun avantajıyla yarı finale çıkmıştı.
Daum yönetiminde, 2003-2004 sezonunda yarı final mücadelesinde Gençlerbirliği'ne 4-2 yenilerek kupadan elenen Fenerbahçe, 2004-2005 sezonunda finalde Galatasaray karşısında 5-1'lik, 2005-2006 sezonunda da normal süresi 2-2'lik eşitlikle tamamlanan mücadelede uzatmalarda Beşiktaş'a 3-2 yenilerek finalde kaybetti.
Daumlu Fenerbahçe'nin 4 sezonda Türkiye Kupası'nda yaptığı maçlarda aldığı sonuçların toplamının oluşturduğu tablo şöyle:
SEZON 0 G B M A Y
-----------------------------------------
2003-2004 4 3 - 1 10 6
2004-2005 5 3 1 1 15 10
2005-2006 9 5 1 3 20 11
2009-2010 6 4 - 2 14 9
-----------------------------------------
TOPLAM 24 15 2 7 59 36
