İki takım Türkiye Kupası Finali'nde 3 kez karşılaşırken, hepsinde de Beşiktaş kupayı müzesine götürdü. Siyah-beyazlılar, 1988-1989 sezonundaki finalde iki maçı 1-0 ve 2-1'lik skorlarla kazandı. 2005-2006'da İzmir'de tek maç üzerinden oynanan finalde uzatmada 3-2 galip gelen Beşiktaş, 2008-2009'da yine İzmir'de rakibini bu kez 4-2 yendi.
