Memleketi olan Trabzonspor'da toplam 4 yıl forma giydi. Kısa sürede kulübün simgesi haline geldi ve bugün kendisini hala Trabzonspor'un bir elçisi olarak görüyor. İlk sezonunda daha 21 yaşındayken 35 maça çıkmış 10 gol atmıştı. Lazio onu Savic'in yerine çok istedi. İkinci yılında gol oranında düşüş yaşadı ancak Lille ona güvendi ve 17.5 milyon euro bonservis ödedi. Pepe'nin Arsenal'e satışının küçük bir kısmı Yusuf için verilse de bu transfer, kulüp tarihindeki en pahalı transferdi.