Uzun yıllar Bursaspor'da görev alan Mustafa Er, 2016/17 sezonunda Adnan Örnek'in istifası sonrası sezonun son maçında takımın başına geçmiş ve Trabzonspor'u deplasmanda 2-1 yenen yeşil beyazlılar, bu galibiyetle birlikte ligde kalmayı başarmıştı. Ertesi sezon da teknik heyette yer alan Mustafa Er, Paul Le Guen ile yolların ayrılmasının ardından Bursaspor'un ligdeki son 6 maçında takımın başına geçmiş; Bursa ekibi aldığı 2 galibiyet ve 4 mağlubiyet sonrasında bir kez daha lige tutunmuştu.
