Eski takımı Gençlerbirliği'nin teklifine, geçen sezon küme düşmesi sebebiyle olumsuz yanıt verdiği öğrenilen 29 yaşındaki futbolcu için teknik direktör İbrahim Üzülmez'in ısrarcı olduğu bilgisi alındı. Oyuncu ve kulübün anlaşması halinde Beşiktaş'ın, transfere kolaylık sağlayacağı öğrenildi.
Futbola 1999'da Topağaçspor alt yapısında başlayan Pektemek, 2005 yılında ise Sakaryaspor altyapısına geçti. İlk profesyonel sözleşmesini de 2006'da Sakaryaspor ile imzaladı. 2006-2008 yıllarını burada geçiren genç forvet, görev aldığı 33 maçta 4 gol ile takımına destek verdi. 2008 senesinde Gençlerbirliği'ne transfer oldu. Burada 3 sezon geçiren Pektemek, ayrıca bu dönemde Türkiye U-21 takımında oynamaya başladı. Gençlerbirliği forması ile 67 maçta forma şansı bulan milli futbolcu, 24 kez rakip ağları havalandırmayı başardı. Pektemek geçen sezon siyah beyazlı forma ile tüm kulvarlarda 15 maça çıktı ve 5 gol kaydetti.
