Teknik direktörlük kariyerine 2001 yılında ülkesinin Plaza Colonia takımında başlayan Aguirre, Penarol, SD Aucas, Wanderers, Alianza Lima, Uruguay U20 Milli Takımı, Al Rayyan, Al Gharafa, Internacional, Atletico Mineiro, San Lorenzo ve son olarak Sao Paulo'yu yönetti.