Şampiyonlar Ligi'ne katılabilmek için oynadığı 11 eleme turunun 7'sinde turu geçen sarı-lacivertli takım, Spartak Moskova mücadelesiyle birlikte 4'üncü kez elemede takıldı. Şampiyonlar Ligi elemelerinde yaptığı 22 maçta 10 galibiyet elde eden Fenerbahçe, 6 beraberlik, 6 da yenilgi aldı. 2002-2003 sezonunda 3. ön eleme turunda Hollanda'nın Feyenoord takımına 1-0 ve 2-0'lık skorlarla yenilen Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi'ne veda etti.
2006-2007 sezonunda 2. ön eleme turunda Faroe Adaları'nın B36 Torshavn takımını 4-0 ve 5-0'lık skorlarla yenerek tur atlayan Fenerbahçe, 3. ön elemede deplasmanda 3-1 yenildiği Ukrayna'nın Dinamo Kiev takımıyla kendi sahasında 2-2 berabere kalarak, Şampiyonlar Ligi'nden elendi.
Sarı-lacivertliler, 2010-2011 sezonunda ise deplasmanda 2-2 berabere kaldığı İsviçre'nin Young Boys takımına İstanbul'da 1-0 yenilerek, Şampiyonlar Ligi defterini kapattı.
Fenerbahçe, 1996-1997, 2001-2002, 2004-2005, 2005-2006, 2007-2008 ve 2008-2009 sezonlarında "Devler" arenasında mücadele etti.
Şampiyonlar Ligi eleme turu mücadeleleri
Fenerbahçe'nin UEFA Şampiyonlar Ligi eleme turu maçları ve sonuçları şöyle:
1996-1997 M. Tel Aviv 1-0(D) 1-1
2001-2002 G. Rangers 0-0(D) 2-1
2002-2003 Feyenoord 0-1(D) 0-2 (Turu geçemedi)
2006-2007 B36 Torshavn 4-0 5-0(D)
2006-2007 Dinamo Kiev 1-3(D) 2-2 (Turu geçemedi)
2007-2008 Anderlecht 1-0 2-0(D)
2008-2009 MTK Budapeşte 2-0 5-0(D)
2008-2009 Partizan 2-2(D) 2-1
2010-2011 Young Boys 2-2(D) 0-1 (Turu geçemedi)
2012-2013 Vaslui 1-1 4-1 (D)
2012-2013 Spartak Moskova 1-2(D) 1-1 (Turu geçemedi)
