Geçirdiği ağır sakatlık sonrası Fenerbahçe tarafından tek taraflı mukavelesi feshedilen Edu, Santos'ta tavan yaptı. 30 yaşındaki sambacı, kaptanlığını üstlendiği yeni takımında 2 senede 4 önemli kupayı kaldırdı. Santos, Edu'nun kaptanlığında 2 Paulista şampiyonluğu kazanıp, Copa Libertadores ve Brezilya Kupası'nı havaya kaldırdı.
