2016-2017 Ziraat Türkiye Kupası 3. Tur Kura Çekimi, TFF'nin Beykoz-Riva'daki idari merkezinde bulunan Orhan Saka Salonu'nda gerçekleştirildi. Kura çekim töreninde TFF 1. Başkanvekili Servet Yardımcı, TFF Yönetim ve İcra Kurulu Üyesi Ali Düşmez, TFT Genel Sekreteri Kadir Kardaş, TFF Maç Planlama Müdürü Besim Yalçın ile kura çekimine katılan kulüplerin temsilcileri yer aldı.
Maçların 25, 26 ve 27 Ekim tarihlerinde tek maç eleminasyon usulüne göre oynanacağı Ziraat Türkiye Kupası 3. Turu'nda eşleşmeler şöyle oluştu;
