5 Şubat 1986 tarihinde Portekiz'de doğan Manuel Fernandes, merkez orta sahada görev yapıyor.
2002 senesinde Benfica altyapısında futbola başlayan Fernandes, 2004 yılında ilk profesyonel sözleşmesine imza attı.
2004-07 yılları arasında forma giydiği Benfica'da 67 maçta 3 kez gol sevinci yaşadı.
2007 senesinde Everton'a kiralanan Fernandes çıktığı 9 maçta 2 gollük katkı yaptı.
2007 yılının sonlarına Valencia'ya transfer olan Portekizli, 56 maçta 2 gol atabildi.
2011 senesinde Beşiktaş'a gelen Fernandes, siyah-beyazlı formayı tam 91 karşılaşmada giydi ve 15 gol attı.
2014 senesinde Lokomotiv Moskova'ya transfer olan Fernandes, 2005 senesinden bu yana ise Portekiz Milli Takımı formasını giymekte.