Beşiktaş Kulübü'nin 22 Mayıs 2013'te futbol genel direktörlüğü konusunda 3 yıllık sözleşme imzaladığı Özen, görevini yaklaşık 15 ay yapabildi. Başkan Fikret Orman'ın katılımıyla düzenlenen basın toplantısında, "Kontratımız 3 sene ama benim kendime verdiğim süre 18 ay" ifadesini kullanan Önder Özen, kendine tanıdığı süreyi de tamamlayamadı.