Maçın ardından güvenlik yetkilileriyle Fenerbahçeli yedek oyuncular arasında kavga çıktı. Mücadelenin son anlarında gerilim had safhadaydı. Makedon ekibi oyuncuları ile Fenerbahçeli futbolcular arasında fiziksel temaslar sıklaşmaya başladı ve hakem her iki takıma da birer kırmızı kart gösterdi. Mücadelenin sona ermesiyle birlikte Fenerbahçeli futbolcular soyunma odasının yolunu tutarken güvenlik görevlileri ile sarı-lacivertli yedek futbolcular arasında tartışma çıktı. Sarı-lacivertli futbolcular, sahaya giren Türk taraftarlara yapılan muamele nedeniyle güvenlikle tartıştılar. Başta Volkan Demirel olmak üzere Fenerbahçe yedek kulübesi buna sert tepki gösterdi. Volkan Demirel, güvenliklerin elinden aldığı taraftarları tribüne gönderdi. Öte yadan maç öncesi Üsküp'te geniş güvenlik önlemleri alındı. Tüm araçlar bomba tedbirleri nedeniyle arandı.