1997 yılında bir diğer Brezilya takımı olan Palmeiras'a transfer oldu. 5 sezon boyunca Palmeiras forması giyen Alex, göz dolduran performansı ile dikkatleri üzerine çekti. Palmeiras'ta 241 maçta 78 gol atan Alex, Avrupa kulüplerinin dikkatini çekti ve Copa Libertadores şampiyonluğu yaşadı. Aynı zamanda Palmeiras'taki performansıyla da Brezilya Milli Takımı'na da seçildi.